Tờ di chiếu giả ghi rằng hoàng đế Thuận Trị đã hối hận sâu sắc trước việc từ bỏ phong tục truyền thống của Mãn Châu, và bốn phụ chánh dùng việc đó để đưa triều đình trở lại với chính sách thời Hậu Kim.[177] Dùng những lời trong di chiếu, Ngao Bái và các phụ chánh khác nhanh chóng giải tán 13 nha môn.[178] Trong mấy năm tiếp theo, họ chiếm quyền hành trong Phủ Nội vụ, vốn được điều hành bởi người Mãn Châu và các hoạn quan, loại bỏ Viện Hàn lâm, và giới hạn thành viên của Nghị chánh Vương đại thần chỉ trong nội bộ người Mãn Châu và người Mông Cổ.[179] Các nhiếp chính cũng áp dụng những biện pháp ứng rắn đối với các thần dân Trung Quốc: họ xử tử hàng chục người và trừng phạt hàng ngàn người khác ở Giang Nam vì vụ án viết Minh sử và tội trốn thuế, và buộc người dân miền đông nam di dời vào sâu trông nội địa nhằm cô lập Đảo Đài Loan - tức Vương quốc Đông Ninh do con trai của Quốc tính gia là Diên Bình quận vương đang nắm quyền.[180]

Sau khi Khang Hy hoàng đế bắt giam Ngao Bái năm 1669, ông khôi phục nhiều cải cách của Thuận Trị hoàng đế.[181] Nhiều cơ quan, chức quan được khôi phục lại, bao gồm Đại học sĩ, nhờ vào đó mà người Hán có được nhiều tiếng nói hơn trong chánh phủ.[182] Ông cũng tiêu diệt thành công loạn Tam phiên, do ba viên tướng người Hán đã về hàng và góp công lớn trong cuộc chinh phạt của người Mãn, được phong phiên vương và nắm giữ các vùng đất quan trọng ở miền nam Trung Quốc.[183] Loạn Tam phiên (1673 – 1681) cho thấy vẫn còn sự chống đối mạnh mẽ với chính quyền mới, song quân Thanh cuối cùng đàn áp được.[184] Khi sắp giành được thắng lợi, nhà Thanh tổ chức khoa Bác học hồng nho năm 1679 để thu hút giới văn sĩ Trung Quốc còn ẩn dật đến phục vụ cho triều đại mới.[185] Những người trúng tuyển được giao nhiệm vụ biên soạn Minh sử.[183] Cuộc nổi loạn bị đánh bại năm 1681, cùng năm đó Khang Hy hoàng đế chuẩn cho dùng vắc-xin phòng ngừa đậu mùa cho các trẻ em trong hoàng thất.[186] Sau khi đánh bại Vương quốc Đông Ninh vào năm 1683, thì xem như cuộc chinh phạt Trung Quốc của người Mãn đã hoàn thành.[183] Nền tảng do Đa Nhĩ Cổn, Thuận Trị hoàng đế và Khang Hy hoàng đế dựng lên giúp cho nhà Thanh trở thành một thể chế hùng mạnh, "một trong những đế quốc thành công nhất trên thế giới."[187] Tuy nhiên, trớ trêu thay, nền hòa bình lâu dài sau đó đã khiến nhà Thanh không có sự chuẩn bị thỏa đáng cho cuộc đương đầu với các cường quốc Tây phương vào thế kỉ XIX.[188]